Dentro do CCMAR existem alguns grupos de investigação que desenvolvem trabalhos científicos em variadas áreas.

Aquacultura e Biotecnologia
Biologia Molecular de Organismos Marinhos
Biotecnologia e Biologia Molecular de Microalgas
Endocrinologia comparativa e Molecular
Biofísica
Aquacultura
Bio Vanadium

Recursos Vivos
MAREE – Ecologia Marinha e Evolução
ALGAE – Ecologia e Plantas Marinhas
Ecohidrologia dos Recursos Pesqueiros
Biologia Pesqueira e Hidrobiologia
Investigação da Pesca Costeira
Biodiversidade e Biologia em Pescas
Biodiversidade e Conservação
Parasitologia e reprodução em peixes
Química Orgânica
Tecnologias Ambientais