A actividade do CCMAR engloba vários aspectos da pesquisa marinha e aposta sobretudo no desenvolvimento experimental e na formação pós-graduada.

O Centro está organizado em duas divisões de investigação: Biotecnologia e Aquacultura, e Recursos Vivos.

A Divisão de Aquacultura e Biotecnologia centra a sua actividade em aspectos relacionados com a investigação básica e aplicada em espécies importantes em aquacultura, ou em modelos marinhos com relevância em biomedicina e biotecnologia.

A Divisão de Recursos Vivos promove a gestão de recursos ao nível da biologia, ecologia e dinâmica de populações comercialmente importantes. É neste domínio que se desenvolvem também estudos acerca do impacto da pesca nos recursos vivos não explorados.