90% da população de cavalos marinhos da Ria Formosa desapareceu nos últimos 20 anos. As duas espécies de cavalos-marinhos mais comuns na Ria Formosa, Hippocampus hippocampus (focinho curto) e Hippocampus guttulatus (focinho longo), estão classificadas como espécies quase ameaçadas pela União Internacional para a Conservação da Natureza e dos Recursos Naturais (IUCN). Existem várias causas, naturais e antropogénicas, que colocam em risco as comunidades de cavalos-marinhos que da Ria Formosa: 

• A apanha ilegal para o mercado asiático da medicina tradicional; 
• Pesca acidental; 
• A degradação ambiental do habitat de fundo e o desaparecimento das macroalgas – pradarias marinhas - `às quais os cavalos-marinhos se agarram e estabelecem as suas colónias; 
• A poluição sonora provocada pelos barcos na Ria Formosa que causam stress a estes animais e altera o batimento opercular (respiratório) e o metabolismo; ​  

A Estação do Ramalhete do CCMAR, com sede na Ria Formosa, tem vários laboratórios onde decorrem projetos de investigação sobre cavalos-marinhos. Em pequenos tanques, os investigadores criam em cativeiro cavalos-marinhos e investigam a sua ecologia e restauração do habitat. 

Para alertar o público acerca da situação frágil destes animais, os investigadores participam em várias atividades de sensibilização, como a campanha “Vamos salvar os cavalos-marinhos da Ria Formosa”. Estas iniciativas têm como objetivo alertar e sensibilizar para as ameaças que estes os cavalos-marinhos enfrentam e para a problemática da captura ilegal.

Projetos: 

• 2012-2015: Projeto científico HIPPOSAFE - Da abundância ao desaparecimento. Identificação das causas para o decréscimo das populações de Hippocampus guttulatus na Ria Formosa
• Seahorse 
• 2017-2021: Projeto científico HIPPONUTRE “Cultivo do cavalo marinho de focinho comprido, Hippocampus guttulatus: Optimização zootécnica e avaliação de requisitos nutricionais” – Financiado pelo Programa Operacional MAR2020. 

Notícias: 

• National Geographic Portugal: A comunidade de cavalos-marinhos que vive na Ria Formosa 
• Oceanário e Fundação Oceano Azul sensibilizam para a proteção dos cavalos-marinhos da ria Formosa 
• Sul Informação: Conservação dos cavalos-marinhos da Ria Formosa debatida em Olhão 
• Impala: Nutrição dos cavalos-marinhos em estudo para aumentar reprodução em cativeiro 
• Expresso: Aqui só resta um cavalo-marinho