Conhecer a distribuição geográfica das espécies e dos habitats é fundamental para o design, implementação e gestão das áreas marinhas protegidas, bem como uma melhor gestão das pescas e do ordenamento do espaço marinho. A nossa investigação foca-se em vários tópicos sobre conservação e gestão marinha, todos com uma forte componente geográfica:

•    mapeamento e classificação dos habitats dos fundos marinhos;
•    planeamento da conservação;
•    monitorização das áreas marinhas protegidas;
•    variedade de espécies;
•    nichos ecológicos;
•    genética da paisagem marítima;
•    catch and yield per unit of effort (CPUE and RVUE) distribution;
•    análise da saúde ecológica;
•    mapeamento dos recursos ambientais;
•   gestão dos ecossistemas dos espaços marinho;
•    planeamento do ordenamento do espaço marinho.

A grande quantidade de dados com informação geográfica sobre os habitats e espécies que recolhemos é utilizada para "alimentar" bases de dados e geoportais nacionais e internacionais, tais como SNIMAR, OBIS, ALGABASE, FISHBASE, WORMS e EMODNET. O conhecimento que vamos contruindo e os mapas e modelos que elaboramos são utilizados para apoiar a aplicação várias políticas europeias como a Habitats and Birds (Rede NATURA 2000), EU 2020 Biodiversity Strategy, Water Framework Directive, Marine Strategy Framework Directive e Maritime Spatial Planning Directive.

Dedicamos especial atenção à indentificação, modelação e mapeamento de habitats essenciais para peixes e habitats prioritários (por exemplo: os que estão incluídos na Rede NATURA 2000, convenções OSPAR e Barcelona, Ecossistemas Marinhos Vulneráveis da ONU e EBSAs - Ecologically or Biologically Signant Marine Areas). 
Estes habitats incluem lagoas e estuários costeiros, pradarias de ervas marinhas, florestas de algas, maerl beds, jardins de corais, esponjas marinhas e fundos e desfiladeiros submarinos. Também damos particular atenção às espécies vulneráveis ou com estatuto de proteção como as ervas marinhas, corais vermelhos, pepinos marinhos, raias e tubarões, cavalos marinhos, tartarugas marinhas e golfinhos (HD, IUCN, OSPAR, Convenção de Berna, CITES).

A investigação que realizamos na área de distribuição geográfica de espécies e habitats é especialmente importante para a conservação e gestão do meio marinho. Como tal, promovemos de forma ativa as Áreas Marinhas Protegidas (AMP) como uma ferramenta de gestão. Os nossos objetivos são:

•     Criar um novo sistema internacional de classificação de Áreas Marinhas Protegidas;
• Promover novas AMPs que envolvam uma forte componente de participação das partes interessadas;
• Melhorar os sistemas de informação e monitorização das várias AMP (por exemplo, PNSACV, PMLS, PNRF);
• Estabelecer uma rede nacional de AMPs.

Para além disso, o trabalho que estamos no mapeamento das atividades humanas, visa incluir este tipo de dados no processo de ordenamento do espaço marinho e desta forma permitir o estabelecimento de AMPs mais eficazes e uma melhor integração de novas atividades marítimas, nomeadamente aquacultura offshore e energias renováveis.